Paquet : pbhoney (15.8.24+dfsg-3)

[ Paquet source : pbsuite  ]

recherche de variation structurelle génomique

PBHoney est une mise en œuvre de deux approches d’identification de variantes conçue pour exploiter la haute possibilité de mappage de lectures longues (c’est-à-dire supérieures à 10 000 paires de bases). PBHoney considère les discordances intra-lectures et des terminaisons avec alignement doux (soft clipping) pour identifier les variantes structurelles.

PBHoney fait partie de PBSuite.

Autres paquets associés à pbhoney

• dep: blasr (>= 5.3)

  correspondance de lectures de séquençage de molécules simples

• dep: python

  langage interactif de haut niveau orienté objet (version Python2)

• dep: python-h5py

  general-purpose Python interface to hdf5 (Python 2)

• dep: python-intervaltree-bio

  Interval tree convenience classes for genomic data -- Python 2 library

• dep: python-networkx

  tool to create, manipulate and study complex networks

• dep: python-numpy

  gestion rapide des tableaux avec Python

• dep: python-pbbanana (= 15.8.24+dfsg-3)

  additional utilities for the pbsuite

• dep: python-pbsuite-utils (= 15.8.24+dfsg-3)

  software for Pacific Biosciences sequencing data -- Python utilities

• dep: python-pysam (>= 0.8.0)

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 2)

• dep: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• rec: pbdagcon

  sequence consensus using directed acyclic graphs

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	1 280,3 ko	2 356,0 ko	[liste des fichiers]