Paquet : med-cloud (3.3)

[ Paquet source : debian-med  ]

applications bio-informatiques de Debian Med utilisables dans les nuages

Ce méta-paquet installera des paquets Debian liés à biologie moléculaire, à la biologie structurale et à la bio-informatique utilisable dans les sciences de la vie, qui ne dépendent pas de ressources graphiques et qui ne peuvent donc pas s'adapter sur des images système pour l'utilisation dans les grappes de nuages, où l'espace peut être limité.

Étiquettes: Domaine: Biologie moléculaire, Rôle: Méta-paquet

Autres paquets associés à med-cloud

• dep: med-config (= 3.3)

  paquet de configuration générale de Debian Med

• dep: med-tasks (= 3.3)

  Paquets bio-informatiques pour tasksel

• rec: abyss

  assembleur de séquences de novo parallèles pour les lectures courtes

• rec: acedb-other

  Récupération d'ADN ou de séquences de protéines

• rec: aevol

  modèle numérique de génétique pour lancer des expériences d'évolution in silico

• rec: alien-hunter

  Distribution des motifs d'ordre variable (IVOM) pour identifier l'ADN acquis par transfert horizontal

• rec: altree

  programme pour faire de l'association basée sur la phylogénétique et l'analyse de localisation

• rec: amap-align

  alignement multiple de séquences protéiques par appariement

• rec: ampliconnoise

  suppression du bruit pour les amplicons PCR séquencés 454

• rec: anfo

  aligneur/mappeur de lectures courtes à partir de MPG

• rec: aragorn

  détection ARNt et ARNtm dans les séquences de nucléotides

• rec: arden

  contrôle de spécificité pour les alignements de lecture utilisant une référence artificielle

• rec: autodock

  Analyse de liaison de ligand à la structure d'une protéine

• rec: autodock-vina

  chargement de petites molécules jusqu'aux protéines

• rec: autogrid

  Pré-calculer les liaisons de ligands à leur récepteur

• rec: bamtools

  boîte à outils de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)

• rec: bedtools

  suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes

• rec: bioperl

  outils en Perl pour la bio-informatique

• rec: bioperl-run

  scripts d'enveloppe BioPerl

• rec: biosquid

  utilitaire d'analyse de séquences biologiques

• rec: blast2

  paquet factice de transition vers ncbi-blast+-legacy

• rec: bowtie

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• rec: bowtie2

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• rec: boxshade

  Rendu élégant d'alignements multiples de séquences

• rec: bwa

  dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

• rec: cain

  simulations de réactions chimiques

• rec: cassiopee

  outil d'indexation et de recherche dans les séquences génomiques

• rec: cd-hit

  suite de programmes conçus pour grouper rapidement des séquences

• rec: cdbfasta

  indexation avec Constant DataBase et outils de recherche pour les fichiers multi-FASTA

• rec: circos

  outil de dessin pour visualiser des données

• rec: clearcut

  reconstruction d'arbre phylogénétique extrêmement efficace

• rec: clonalframe

  inférence de microévolution bactérienne en utilisant des données de séquence multilocus

• rec: clustalo

  programme à usage général d'alignement de plusieurs séquences pour les protéines

• rec: clustalw

  alignement de séquences de nucléotides ou de peptides

• rec: concavity

  prédicteur de sites de liaisons de ligands de la protéine à partir de la structure et de la conservation

• rec: conservation-code

  outil de notation de la conservation des séquences de protéines

• rec: datamash

  outil de statistiques pour interface en ligne de commande

• rec: dialign

  alignement de plusieurs séquences par segments

• rec: dialign-tx

  alignement séquentiel multiple basé sur les segments

• rec: discosnp

  détection du polymorphisme d'un seul nucléotide pour des ensembles bruts de lectures

• rec: disulfinder

  prédiction de pont disulfure et de leur connectivité

• rec: dnaclust

  outil de regroupement de millions de séquences courtes d’ADN

• rec: dssp

  affectation de la structure secondaire de la protéine basée sur la structure en 3D

• rec: embassy-domainatrix

  commandes supplémentaires EMBOSS pour manipuler un fichier de classification de domaines

• rec: embassy-domalign

  commandes EMBOSS additionnelles pour l'alignement dans le domaine des protéines

• rec: embassy-domsearch

  commandes supplémentaires EMBOSS pour la recherche dans les domaines de la protéine

• rec: emboss

  ensemble de logiciels libres pour la biologie moléculaire européenne

• rec: exonerate

  outil générique pour la comparaison de deux séquences

• rec: fastdnaml

  outil pour la construction d'arbres phylogénétiques de séquences d'ADN

• rec: fastlink

  version plus rapide des programmes de généalogie génétique Linkage

• rec: fastqc

  contrôle qualité pour les données de séquences à haut débit

• rec: fasttree

  arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines

• rec: fastx-toolkit

  outils de prétraitement des lectures de nucléotides courts aux formats FASTQ/A

• rec: fitgcp

  fitting genome coverage distributions with mixture models

• rec: flexbar

  code-barres flexible et suppression de l'adaptation pour les plateformes de séquençage

• rec: freecontact

  prédicteur rapide de contact de protéine

• rec: gasic

  genome abundance similarity correction

• rec: genometools

  boîte à outils polyvalente d'analyse du génome

• rec: gff2aplot

  tracés d'alignements par paires pour les séquences génomiques avec PostScript

• rec: gff2ps

  Produit des graphiques PostScript à partir de fichiers GFF

• rec: giira

  RNA-Seq driven gene finding incorporating ambiguous reads

• rec: glam2

  motifs de protéines lacunaires de séquences non alignées

• rec: grinder

  simulateur polyvalent de lecture de séquençage global et d'amplicon omiques

• rec: gromacs

  Simulateur de dynamique moléculaire avec outils d'analyse et de préparation

• rec: hhsuite

  recherche de séquence de protéines basée sur l’alignement HMM-HMM

• rec: hmmer

  profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

• rec: idba

  iterative De Bruijn Graph short read assemblers

• rec: infernal

  inférence d’alignements structurels secondaires d’ARN

• rec: jellyfish

  count k-mers in DNA sequences

• rec: kalign

  Alignement séquentiel multiple global et progressif

• rec: kissplice

  détection de diverses sortes de polymorphismes dans les données du séquençage de l'ARN

• rec: last-align

  comparaison de séquences biologiques à l'échelle du génome

• rec: loki

  analyse de déséquilibre de liaison avec des chaînes de Markov

• rec: macs

  analyse basée sur modèles de ChIP-Seq venant de séquenceurs de lectures courtes

• rec: mafft

  programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés

• rec: mapsembler2

  bioinformatics targeted assembly software

• rec: maq

  correspondance de lectures de séquences d'ADN polymorphique de longueur courte à des séquences de référence

• rec: melting

  calcule la température de fusion de duplex d'acide nucléique

• rec: minia

  short-read biological sequence assembler

• rec: mipe

  Outil de sauvegarde de données dérivées de PCR

• rec: mira-assembler

  assembleur de séquences génomiques exprimées utilisant la méthode globale

• rec: mlv-smile

  Find statistically significant patterns in sequences

• rec: mothur

  ensemble pour analyse de séquences pour la recherche sur le microbiome

• rec: mrbayes

  Bayesian Inference of Phylogeny

• rec: mummer

  Alignement de séquence efficace de génomes complets

• rec: muscle

  Programme d'alignements multiples de séquences de protéine

• rec: mustang

  alignement structurel multiple de protéines

• rec: ncbi-epcr

  outil pour vérifier la présence d'un marqueur dans une séquence d'ADN

• rec: ncbi-tools-bin

  bibliothèques du NCBI pour applications de biologie –⋅utilitaires en mode texte

• rec: ncoils

  prédiction de structure secondaire de superhélice

• rec: neobio

  calcul d'alignements de séquences d'acides aminés et de nucléotides

• rec: paraclu

  Parametric clustering of genomic and transcriptomic features

• rec: parsinsert

  insertion parcimonieuse de séquences non classifiées dans des arbres phylogénétiques

• rec: pdb2pqr

  Preparation of protein structures for electrostatics calculations

• rec: perm

  efficient mapping of short reads with periodic spaced seeds

• rec: phyml

  estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale

• rec: phyutility

  simple analyses or modifications on both phylogenetic trees and data matrices

• rec: picard-tools

  outils en ligne de commande pour manipuler les fichiers SAM et BAM

• rec: plink

  outils d'analyse d'associations sur le génome entier

• rec: poa

  alignement d'ordre partiel pour les alignements multiples de séquences

• rec: prank

  Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences

• rec: prime-phylo

  bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

• rec: primer3

  outil de choix d'amorces l'amplification d'ADN

• rec: probabel

  Toolset for Genome-Wide Association Analysis

• rec: probcons

  alignement de séquences multiples basé sur la cohérence probabiliste

• rec: proda

  Alignement multiple de séquences protéiques

• rec: prodigal

  Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program

• rec: pynast

  alignement de séquences courtes d'ADN

• rec: python-biopython

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 2)

• rec: python-cogent

  framework pour la biologie du génome

• rec: python3-biomaj3-cli

  BioMAJ client

• rec: python3-biopython

  Python library for bioinformatics (implemented in Python 3)

• rec: r-bioc-hilbertvis

  paquet de GNU R pour visualiser de grands vecteurs de données

• rec: r-cran-pvclust

  regroupement hiérarchique avec valeurs-p par la méthode du bootstrap multi-échelle

• rec: r-cran-qtl

  paquet de GNU R d’analyse de liaisons de marqueurs génétiques

• rec: r-cran-vegan

  Community Ecology Package for R

• rec: r-other-mott-happy.hbrem

  GNU R package for fine-mapping complex diseases

• rec: raster3d

  outils pour la génération d'images de protéines ou d'autres molécules

• rec: readseq

  conversion entre formats de séquences

• rec: rnahybrid

  prédiction rapide et efficace des complexes microARN/cible

• rec: rtax

  classification de lectures de séquence d’ARN ribosomique 16S

• rec: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• rec: seqan-apps

  C++ library for the analysis of biological sequences

• rec: sibsim4

  Alignement de séquences d'ARN sur une séquence d'ADN

• rec: sigma-align

  alignement de multiples séquences d'ADN non codant

• rec: sim4

  Outil d'alignement d'ADNc et d'ADN génomique

• rec: smalt

  Sequence Mapping and Alignment Tool

• rec: snap

  location of genes from DNA sequence with hidden markov model

• rec: soapdenovo

  méthode d'assemblage de lectures courtes pour construire une ébauche d’assemblage de novo

• rec: soapdenovo2

  méthode d'assemblage de lectures courtes pour construire un assemblage brouillon de novo

• rec: squizz

  convertisseur pour les séquences génétiques et les alignements

• rec: sra-toolkit

  utilities for the NCBI Sequence Read Archive

• rec: ssake

  application de génomique pour assembler des millions de séquences très courtes d’ADN

• rec: staden-io-lib-utils

  programs for manipulating DNA sequencing files

• rec: t-coffee

  alignement multiple de séquences

• rec: tabix

  indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations

• rec: theseus

  superposition de macromolécules par maximum de vraisemblance

• rec: tigr-glimmer

  Détection de gènes dans des archées et des bactéries

• rec: tophat

  fast splice junction mapper for RNA-Seq reads

• rec: tree-puzzle

  reconstruction d’arbres phylogénétiques par la vraisemblance maximale

  ou tree-ppuzzle

  Reconstruction d'arbres phylogéniques par ressemblance maximum

• rec: vcftools

  ensemble d'outils pour travailler avec les fichiers VCF

• rec: velvet

  assembleur de séquences d'acides nucléiques pour de très courtes lectures

• rec: wise

  comparaison de biopolymères, tels les séquences d'ADN et de protéines

• rec: zalign

  alignement parallèle local de séquences biologiques

• sug: bagpipe

  Paquet indisponible

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

• sug: embassy-phylip

  EMBOSS conversions of the programs in the phylip package

• sug: gmap

  alignement d’épissage et tolérante sur les SNP pour les lectures courtes et mNRA

• sug: qiime

  Paquet indisponible

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