Paquet : travis (190101-1)

[ Paquet source : travis  ]

analyse et visualisation de trajectoires

TRAVIS (Trajectory Analyzer and Visualizer) est un outil libre pour analyser et visualiser les trajectoires de toutes sortes de simulations de dynamique moléculaire ou de Monte-Carlo. Le but de TRAVIS est de collecter autant d’analyses que possible en un seul programme, créant ainsi un outil puissant et en rendant inutile l’utilisation de beaucoup de programmes différents pour l’évaluation de simulations. Cela doit grandement rationaliser et simplifier le déroulement des opérations dans l’analyse des trajectoires. Les fonctions d’analyse suivantes sont disponibles :

Fonctions statiques (indépendantes du temps) :

 – fonctions de distribution radiale, angulaire, de dièdres ou combinée ;
 – distribution de distances d'un point à un plan ou d'un point à une ligne ;
 – distribution de projections planes ;
 – profil de densité de plan fixe ;
 – fonctions de distribution de densités, spatiale ou de dipôles.

Fonctions dynamiques (dépendantes du temps) :

 – fonction de distribution de vitesses ;
 – coefficients de déplacement ou de diffusion quadratique moyen ;
 – fonctions d'auto-corrélation de vitesse ;
 – dynamiques de réorientation de vecteur ;
 – fonction de corrélation de Van Hove ;
 – fonctions d'agrégation (DACF, DLDF, DDisp).

Fonctions spectroscopiques :

 – calcul de spectre de puissance ;
 – calcul de spectre IR ;
 – calcul de spectre Raman.

TRAVIS peut lire les fichiers de trajectoire au format XYZ, PDB, LAMMPS ou DLPOLY.

Autres paquets associés à travis

• dep: libc6 (>= 2.17)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:4.2)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• sug: cp2k

  Ab Initio Molecular Dynamics

• sug: gnuplot

  programme de tracé interactif en ligne de commande
  un paquet virtuel est également fourni par gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• sug: grace

  outil de tracé graphique en XY

• sug: graphviz

  ensemble complet d'outils pour tracer des graphes

• sug: pymol

  système de graphismes moléculaires

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
arm64	1 069,5 ko	3 179,0 ko	[liste des fichiers]