Paquet : r-bioc-genomicranges (1.34.0+dfsg-1)

[ Paquet source : r-bioc-genomicranges  ]

BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

The ability to efficiently store genomic annotations and alignments is playing a central role when it comes to analyze high-throughput sequencing data (a.k.a. NGS data). The package defines general purpose containers for storing genomic intervals as well as more specialized containers for storing alignments against a reference genome.

Autres paquets associés à r-bioc-genomicranges

• dep: libc6 (>= 2.17)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: r-api-3.5

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-base-core (>= 3.5.1-1)

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.25.3)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.15.2)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.15.12)

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.19.11)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.19.8)

  BioConductor representation and manpulation of external sequences

• rec: r-bioc-annotate

  BioConductor annotation for microarrays

• rec: r-bioc-summarizedexperiment

  BioConductor assay container

• rec: r-cran-digest

  GNU R package for 'hash digest' of R data structures

• rec: r-cran-runit

  paquet de GNU R fournissant un cadriciel de tests unitaires

• sug: r-bioc-annotationdbi

  GNU R Annotation Database Interface pour BioConductor

• sug: r-bioc-annotationhub

  client GNU R pour accéder aux ressources d'AnnotationHub

• sug: r-bioc-biobase

  fonctions de base pour Bioconductor

• sug: r-bioc-biostrings (>= 2.25.3)

  GNU R string objects representing biological sequences

• sug: r-bioc-bsgenome

  infrastructure de BioConductor pour les paquets de données de génome basés sur Biostrings

• sug: r-bioc-deseq2

  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

• sug: r-bioc-genomicalignments

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-bioc-gviz

  Plotting data and annotation information along genomic coordinates

• sug: r-bioc-rsamtools (>= 1.13.53)

  importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R

• sug: r-bioc-rtracklayer

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

• sug: r-bioc-variantannotation

  BioConductor annotation of genetic variants

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-matrix

  paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
arm64	1 727,3 ko	2 563,0 ko	[liste des fichiers]