Paquet : trinityrnaseq (2.6.6+dfsg-6)

[ Paquet source : trinityrnaseq  ]

assemblage de novo de séquences d’Arn

Trinity représente une méthode originale pour une reconstruction efficace et robuste de transcriptomes à partir de données de séquences d’ARN. Trinity combine trois modules logiciels indépendants : Inchworm, Chrysalis et Butterfly, appliqués séquentiellement à de grandes quantités de lectures de séquences d’ARN. Trinity sépare les données de séquence en plusieurs graphes de De Bruijn individualisés, chacun représentant la complexité transcriptionnelle pour un gène ou un locus donné, et puis traite chaque graphe séparément pour extraire les isoformes d’épissage en totalité et pour séparer les transcriptions obtenues de gènes paralogues.

Autres paquets associés à trinityrnaseq

• dep: berkeley-express

  quantification de streaming pour le séquençage à taux élevé

• dep: bowtie

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• dep: bowtie2

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• dep: curl

  outil en ligne de commande pour transférer des données avec une syntaxe URL

• dep: default-jre-headless

  environnement d'exécution standard Java ou compatible — non graphique

• dep: jaligner

  algorithme de Smith-Waterman avec l'amélioration de Gotoh

• dep: jellyfish

  count k-mers in DNA sequences

• dep: libc6 (>= 2.27)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libcommons-collections4-java

  Apache Commons Collections - Extended Collections API for Java

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgetopt-java

  GNU getopt - Java port

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libhts2 (>= 1.0)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libjung-free-java

  Java Universal Network/Graph Framework

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libwww-perl

  interface simple et cohérente au world-wide web

• dep: ncbi-blast+

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

• dep: parafly

  parallel command processing using OpenMP

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux avec le langage Python 3

• dep: r-base-core

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-qvalue

  paquet de GNU R pour une estimation de valeurs-q pour le contrôle FDR

• dep: r-cran-cluster

  paquet GNU R pour l'analyse de grappe, écrit par Rousseeuw et al.

• dep: rsem

  RNA-Seq by Expectation-Maximization

• dep: salmon

  wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data

• dep: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• dep: transdecoder

  recherche de séquences codantes dans des séquences de transcriptions d’ARN

• dep: trimmomatic

  outil flexible de découpage de lecture pour les données Illumina NGS

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: trinityrnaseq-examples

  assemblage de novo de séquences d’Arn – fichiers de test et d’exemple

• sug: collectl

  Utilitaire pour collecter des données de performance Linux

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1 794,9 ko	8 883,0 ko	[liste des fichiers]