Paquet : r-bioc-deseq2 (1.22.2+dfsg-1)

[ Paquet source : r-bioc-deseq2  ]

R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

Differential gene expression analysis based on the negative binomial distribution. Estimate variance-mean dependence in count data from high-throughput sequencing assays and test for differential expression based on a model using the negative binomial distribution.

Autres paquets associés à r-bioc-deseq2

• dep: libblas3

  implémentation de référence en algèbre linéaire de base - bibliothèque partagée

  ou libblas.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, libblas3, libblis2-openmp, libblis2-pthread, libblis2-serial, libopenblas-base

• dep: libc6 (>= 2.14)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgfortran5 (>= 8)

  bibliothèque d'exécution pour les applications Fortran GNU

• dep: liblapack3

  bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée

  ou liblapack.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, liblapack3, libopenblas-base

• dep: libquadmath0 (>= 4.6)

  bibliothèque mathématique quadruple précision GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: r-api-3.5

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.8

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 3.5.2-1)

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-biobase

  fonctions de base pour Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.7.5)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-genefilter

  méthodes de filtrage de gènes à partir d’expériences sur puce

• dep: r-bioc-geneplotter

  R package of functions for plotting genomic data

• dep: r-bioc-genomicranges

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.9.25)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.1.6)

  BioConductor assay container

• dep: r-cran-ggplot2

  implementation of the Grammar of Graphics

• dep: r-cran-hmisc

  fonctions diverses de GNU R créées par Franck Harell

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.11.0)

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-pbapply

  paquet de GNU R fournissant des barres de progression pour des fonctions de R vectorisées

• sug: r-cran-pheatmap

  GNU R package to create pretty heatmaps

• sug: r-cran-rcolorbrewer

  paquet de GNU R fournissant des palettes de couleurs adaptées

• sug: r-cran-readr

  GNU R package to read rectangular text data

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1 180,2 ko	1 711,0 ko	[liste des fichiers]