Paquet : miniasm (0.3+dfsg-1)

[ Paquet source : miniasm  ]

assembleur de novo très rapide pour des lectures longues de séquences d’ADN bruitées

Miniasm est un assembleur de novo très rapide basé sur OLC (Overlap-Layout- Consensus) pour des lectures longues bruitées. Il prend des auto-mappages de lectures « all-vs-all » (classiquement par mini-carte) comme entrée et produit des graphes d’assemblage au format GFA. Différent des assembleurs traditionnel, miniasm ne possède pas d’étape de consensus. Il concatène simplement des morceaux de séquences de lecture pour générer des séquences unitig. Par conséquent le taux d’erreur par base est similaire à celui des lectures brutes d’entrée.

Étiquettes: Biologie: Acides nucléiques, Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, Interface utilisateur: Ligne de commande, Rôle: role::program, science::calculation, But: Calcul, use::comparing, works-with::biological-sequence

Autres paquets associés à miniasm

• dep: libc6 (>= 2.14)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: minimap

  correspondances approximatives de longues séquences biologiques telles que les lectures d’ADN

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	29,7 ko	70,0 ko	[liste des fichiers]