Paquet : mash (2.1+dfsg-2)

[ Paquet source : mash  ]

estimation rapide de distance entre génomes et métagénomes utilisant MinHash

Mash uses MinHash locality-sensitive hashing to reduce large biosequences to a representative sketch and rapidly estimate pairwise distances between genomes or metagenomes. Mash sketch databases effectively delineate known species boundaries, allow construction of approximate phylogenies, and can be searched in seconds using assembled genomes or raw sequencing runs from Illumina, Pacific Biosciences, and Oxford Nanopore. For metagenomics, Mash scales to thousands of samples and can replicate Human Microbiome Project and Global Ocean Survey results in a fraction of the time.

Autres paquets associés à mash

• dep: libc6 (>= 2.14)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libcapnp-0.7.0

  bibliothèque⋅C++ Cap'n Proto

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgsl23 (>= 2.5)

  GNU Scientific Library (GSL) -- library package

• dep: libgslcblas0 (>= 2.4)

  GNU Scientific Library (GSL) -- blas library package

• dep: libmurmurhash1 (>= 1.1)

  Portable MurmurHash Implementation

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	145,3 ko	439,0 ko	[liste des fichiers]