Paquet : bioperl-run (1.7.3-6)

[ Paquet source : bioperl-run  ]

scripts d'enveloppe BioPerl

Ce paquet fournit des scripts du paquet BioPerl-Run. Il installe également toutes les applications enveloppables empaquetées dans Debian. Les applications non libres sont « suggérées » par ce paquet.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::perl, interface::commandline, Rôle: Programme

Autres paquets associés à bioperl-run

• dep: bioperl (>= 1.7.4)

  outils en Perl pour la bio-informatique

• dep: default-jdk-headless

  Standard Java or Java compatible Development Kit (headless)

• dep: hyphy-pt

  Hypothesis testing using Phylogenies (pthreads version)

  ou hyphy-mpi

  Hypothesis testing using Phylogenies (MPI version)

• dep: libbio-cluster-perl

  BioPerl cluster modules

• dep: libbio-eutilities-perl

  interface BioPerl pour les Entrez Programming Utilities (E-utilities)

• dep: libbio-featureio-perl

  Modules for reading, writing, and manipulating sequence features

• dep: libbio-perl-run-perl (= 1.7.3-6)

  modules d'enveloppe BioPerl

• dep: libbio-tools-run-alignment-clustalw-perl

  Bioperl interface to Clustal W

• dep: libbio-tools-run-remoteblast-perl

  Object for remote execution of the NCBI Blast via HTTP

• dep: libtest-requiresinternet-perl

  module to easily test network connectivity

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• rec: amap-align

  alignement multiple de séquences protéiques par appariement

• rec: bedtools

  suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes

• rec: bowtie

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• rec: bwa

  dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

• rec: clustalw

  alignement de séquences de nucléotides ou de peptides

• rec: emboss

  ensemble de logiciels libres pour la biologie moléculaire européenne

• rec: exonerate

  outil générique pour la comparaison de deux séquences

• rec: hmmer

  profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

• rec: infernal

  inférence d’alignements structurels secondaires d’ARN

• rec: kalign

  Alignement séquentiel multiple global et progressif

• rec: lagan

  alignement global de séquences génomiques par paire, hautement paramétrable

• rec: mafft

  programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés

• rec: maq

  correspondance de lectures de séquences d'ADN polymorphique de longueur courte à des séquences de référence

• rec: muscle

  Programme d'alignements multiples de séquences de protéine

• rec: ncbi-blast+-legacy

  script d’appel de legacy de BLAST du NCBI

• rec: ncoils

  prédiction de structure secondaire de superhélice

• rec: pal2nal

  converts proteins to genomic DNA alignment

• rec: pftools

  construction et recherche de profils généralisés de protéine et d’ADN

• rec: phylip

  paquet de programmes pour déduire les phylogénies

• rec: phyml

  estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale

• rec: primer3

  outil de choix d'amorces l'amplification d'ADN

• rec: probalign

  alignement de séquences multiples en utilisant les probabilités à postériori de la fonction de partition

• rec: probcons

  alignement de séquences multiples basé sur la cohérence probabiliste

• rec: raxml

  ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques

• rec: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• rec: sim4

  Outil d'alignement d'ADNc et d'ADN génomique

• rec: t-coffee

  alignement multiple de séquences

• rec: tigr-glimmer

  Détection de gènes dans des archées et des bactéries

• rec: wise

  comparaison de biopolymères, tels les séquences d'ADN et de protéines

• sug: fasta3

  tools for searching collections of biological sequences

• sug: gmap

  alignement d’épissage et tolérante sur les SNP pour les lectures courtes et mNRA

• sug: trnascan-se

  detection of transfer RNA genes in genomic sequence

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	41,2 ko	94,0 ko	[liste des fichiers]