Paquet : r-cran-surveillance (1.19.0-2)

[ Paquet source : r-cran-surveillance  ]

paquet de GNU R pour la modélisation et la surveillance de phénomènes épidémiques

Il s’agit de la mise en œuvre de méthodes statistiques pour la modélisation et la supervision de séries temporelles de données de comptage, proportion et catégorie, ainsi que la modélisation de processus ponctuels de phénomènes épidémiques en temps continu.

Les méthodes de surveillance se concentrent sur les aberrations de détection dans les relevés de séries temporelles provenant de surveillance de santé publique de maladies transmissibles, mais les applications peuvent aussi bien se servir de métriques d’environnement, d’ingénierie de fiabilité, d’économie ou de sciences sociales. Le paquet implémente beaucoup de procédure de détection classiques d’épidémies telles que l’algorithme (amélioré) de Farrington ou la méthode binomiale négative GLR-CUSUM de Höhle et Paul (2008) <doi : 10.1016/j.csda.2008.02.015>. Une nouvelle approche CUSUM combinant logistique et modélisation multinomiale de logistique est aussi fournie. Le paquet contient plusieurs données du monde réel, la possibilité de simuler des données d’épidémie, de visualiser les résultats de surveillance de manière temporelle, spatiale ou spatio-temporelle. Un aperçu des procédures de surveillance est fourni par Salmon et al. (2016) <doi : 10.18637/jss.v070.i10>.

Pour l’analyse rétrospective de la propagation d’épidémie, ce paquet fournit trois cadriciels de modélisation endémique-épidémique avec des outils pour la visualisation, l’inférence de vraisemblance et la simulation. hhh4() estime les modèles pour des séries temporelles selon Paul et Held (2011) <doi : 10.1002/sim.4177> et Meyer et Held (2014) <doi : 10.1214/14-AOAS743>. twinSIR() modélise l’historique d’évènements SIR (Susceptible, Infectious, Recovered) d’une population fixe, par exemple, des épidémies dans des fermes ou des réseaux, en tant que processus ponctuels multivariés comme proposé par Höhle (2009) <doi : 10.1002/bimj.200900050>. twinstim() estime les modèles de processus ponctuels auto-excités pour un patron de processus spatio-temporel d’évènements infectieux, par exemple, données temporelles géo-référencées de surveillance comme proposé par Meyer et al. (2012) <doi : 10.1111/j.1541-0420.2011.01684.x>. Un récent aperçu des cadriciels de modèle spatio-temporel implémentés pour les phénomènes épidémiques a été publié par Meyer et al. (2017) <doi : 10.18637/jss.v077.i11>.

Étiquettes: Domaine: Médecine, Mis en œuvre en: GNU R, Interface utilisateur: interface::commandline, role::program

Autres paquets associés à r-cran-surveillance

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-base-core (>= 4.0.3-1)

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-cran-mass

  paquet GNU R pour MASS de Venables et Ripley

• dep: r-cran-matrix

  paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses

• dep: r-cran-nlme

  paquet de GNU R pour les modèles mixtes (non)linéaires

• dep: r-cran-polycub (>= 0.8.0)

  GNU R Cubature over Polygonal Domains

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.11.1)

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• dep: r-cran-sp (>= 1.0-15)

  Classes et méthodes GNU⋅R pour les données spatiales

• dep: r-cran-spatstat.geom

  GNU R geometrical functionality of the 'spatstat' package

• dep: r-cran-xtable (>= 1.7-0)

  GNU R coerce data to LaTeX and HTML tables

• rec: r-cran-maxlik

  GNU R maximum likelihood estimation

• rec: r-cran-memoise

  Memoise functions

• rec: r-cran-numderiv

  paquet de GNU R pour des dérivées numériques précises

• rec: r-cran-spdep

  GNU R spatial dependence: weighting schemes, statistics and models

• rec: r-cran-tinytest (>= 1.2.4)

  Lightweight and Feature Complete Unit Testing Framework

• sug: r-cran-animation

  GNU R gallery of animations and utilities to create animations

• sug: r-cran-coda

  analyses et diagnostics de sorties de simulations MCMC dans R

• sug: r-cran-colorspace

  GNU R Color Space Manipulation

• sug: r-cran-gridextra (>= 2.0.0)

  GNU R package with extensions for the grid package

• sug: r-cran-gsl

  enveloppe de R pour la GNU Scientific Library

• sug: r-cran-intervals

  GNU R tools for working with points and intervals

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-lattice

  paquet GNU R pour les graphes « Trellis »

• sug: r-cran-maptools

  GNU R Tools for reading and handling spatial objects

• sug: r-cran-msm

  modèles de Markov multi-état et caché en temps continu

• sug: r-cran-polyclip

  GNU R Polygon Clipping

• sug: r-cran-quadprog

  paquet de GNU R pour les problèmes d’optimisation quadratique

• sug: r-cran-scales

  Scale functions for visualization

• sug: r-cran-spc

  maîtrise statistique des procédés de GNU R

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