Paquet : q2-feature-classifier (2020.11.1-2)

[ Paquet source : q2-feature-classifier  ]

classification taxinomique gérant le greffon QIIME 2

QIIME 2 est un paquet pour l’analyse de microbiome, extensible et décentralisée avec une attention particulière sur la transparence des données et analyses. QIIME 2 permet aux chercheurs de commencer une analyse avec des données de séquences d’ADN et de terminer avec des figures et des résultats statistiques de qualité professionnelle. Principales caractéristiques :

 — suivi intégré et automatique de la provenance des données ;
 — système de type sémantique ;
 — système de greffons pour étendre les fonctionnalités d’analyse de
   microbiome ;
 — prise en charge de plusieurs types d’interface (par exemple, API,
   ligne de commande, graphique) ;

QIIME 2 est une nouvelle conception et une réécriture de la tuyauterie d’analyse de microbiome, QIIME 1. QIIME 2 corrigera la plupart des limitations de QIIME 1, tout en conservant les fonctions qui font de QIIME 1 une tuyauterie d’analyse puissante et largement utilisée.

QIIME 2 actuellement prend en charge une première tuyauterie d’analyse de microbiome de bout en bout. De nouvelles fonctionnalités seront régulièrement disponibles à travers des greffons de QIIME 2. Une liste de greffons peut être consultée sur la page de disponibilité de greffons de QIIME 2. La page des futurs greffons liste les greffons en cours de développement.

Autres paquets associés à q2-feature-classifier

• dep: ncbi-blast+

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-biom-format

  format de matrice d'observation biologique (BIOM) – Python 3

• dep: python3-joblib

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python3-skbio

  Python3 data structures, algorithms, educational resources for bioinformatic

• dep: python3-sklearn

  Python modules for machine learning and data mining - Python 3

• dep: q2-feature-table

  QIIME 2 plugin supporting operations on feature tables

• dep: q2-quality-control

  QIIME 2 plugin for quality assurance of feature and sequence data

• dep: q2-taxa

  QIIME 2 plugin for working with feature taxonomy annotations

• dep: q2-types

  QIIME 2 plugin defining types for microbiome analysis

• dep: qiime

  QIIME, Quantitative Insights Into Microbial Ecology

• dep: vsearch

  outil pour le traitement de séquences métagénomiques

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
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