Paquet : murasaki (1.68.6-12)

[ Paquet source : murasaki  ]

homology detection tool across multiple large genomes

Murasaki is a scalable and fast, language theory-based homology detection tool across multiple large genomes. It enable whole-genome scale multiple genome global alignments. Supports unlimited length gapped-seed patterns and unique TF-IDF based filtering.

Murasaki is an anchor alignment software, which is

 * exteremely fast (17 CPU hours for whole Human x Mouse genome (with
   40 nodes: 52 wall minutes))
 * scalable (Arbitrarily parallelizable across multiple nodes using MPI.
   Even a single node with 16GB of ram can handle over 1Gbp of sequence.)
 * unlimited pattern length
 * repeat tolerant
 * intelligent noise reduction

Autres paquets associés à murasaki

• dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0)

  opérations sur le système de fichiers (chemins portables, itération sur des répertoires,⋅etc.) en C++

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

  bibliothèque Boost.Iostreams

• dep: libboost-regex1.74.0-icu67

  paquet virtuel fourni par libboost-regex1.74.0

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: murasaki-common

  homology detection tool across multiple large genomes (common files)

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
s390x	451,1 ko	3 355,0 ko	[liste des fichiers]