Paquet : bcbio (1.2.5-1) [contrib]

[ Paquet source : bcbio  ]

toolkit for analysing high-throughput sequencing data

This package installs the command line tools of the bcbio-nextgen toolkit implementing best-practice pipelines for fully automated high throughput sequencing analysis.

A high-level configuration file specifies inputs and analysis parameters to drive a parallel pipeline that handles distributed execution, idempotent processing restarts and safe transactional steps. The project contributes a shared community resource that handles the data processing component of sequencing analysis, providing researchers with more time to focus on the downstream biology.

This package builds and having it in Debian unstable helps the Debian developers to synchronize their efforts. But unless a series of external dependencies are not installed manually, the functionality of bcbio in Debian is only a shadow of itself. Please use the official distribution of bcbio for the time being, which means "use conda". The TODO file in the Debian directory should give an overview on progress for Debian packaging.

Autres paquets associés à bcbio

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-bcbio

  library for analysing high-throughput sequencing data

• rec: bcftools

  appel de variantes génomiques et manipulation de fichiers VCF et BCF

• rec: cnvkit

  Copy number variant detection from targeted DNA sequencing

• rec: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

• rec: delly

  découverte de variantes structurelles par analyse des lectures

• rec: fastqc

  contrôle qualité pour les données de séquences à haut débit

• rec: freebayes

  détection bayésienne de polymorphismes basée sur les haplotypes et génotypage

• rec: grabix

  wee tool for random access into BGZF files

• rec: hisat2

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

• rec: libvcflib-tools

  C++ library for parsing and manipulating VCF files (tools)

• rec: macs

  analyse basée sur modèles de ChIP-Seq venant de séquenceurs de lectures courtes

• rec: pythonpy

  'python -c', with tab completion and shorthand

• rec: rna-star

  aligneur universel et ultra-rapide de RNA-seq

• rec: salmon

  wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data

• rec: sambamba

  outils pour travailler avec des données SAM/BAM

• rec: samblaster

  marks duplicates, extracts discordant/split reads

• rec: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• rec: stringtie

  assemble short RNAseq reads to transcripts

• rec: subread

  boite à outils pour le traitement de données de séquençage de nouvelle génération

• rec: tabix

  indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations

• rec: umis

  tools for processing UMI RNA-tag data

• rec: varscan

  variant detection in next-generation sequencing data

• rec: wget

  récupération de fichiers sur le réseau

• rec: wham-align

  méthode Wisconsin d’alignement à haut débit

• sug: bcbio-doc

  Paquet indisponible

• sug: cwltool

  implémentation de la référence du langage Common Workflow

• sug: kallisto

  quantification RNA-seq presque optimale

• sug: libglu1-mesa

  bibliothèque utilitaire Mesa OpenGL (GLU)

• sug: qualimap

  Paquet indisponible

• sug: r-other-wasabi

  prepare Sailfish and Salmon output for downstream analysis using GNU R

• sug: toil

  cross-platform workflow engine

• sug: tophat-recondition

  post-processor for TopHat unmapped reads

• sug: tophat2

  Paquet indisponible

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	74,8 ko	280,0 ko	[liste des fichiers]