Paquet : velvet-long (1.2.10+dfsg1-7)

[ Paquet source : velvet  ]

assembleur de séquences d’acide nucléique pour des très courtes lectures, version longue

Velvet est un assembleur génomique de type de novo (assemblage de lectures courtes pour créer des séquences de pleine longueur) spécialement conçu pour les technologies de séquençage à lecture courte, telles que Solexa de l'entreprise Illumina ou 454 de l'entreprise Roche, développées par Daniel Zerbino et Ewan Birney au centre de recherche European Bioinformatics Institute (EBI) qui fait partie de l'European Molecular Biology Laboratory (EMBL), proche de Cambridge, au Royaume-Uni .

Le logiciel Velvet prend actuellement des séquences de lectures courtes, enlève les erreurs puis produit des contigs uniques de haute qualité. Il utilise alors les informations de lecture des paires, si elles sont disponibles, pour extraire les zones répétées entre les contigs.

Ce paquet installe les versions spéciales « long-mode », comme préconisé dans les tutoriels de Velvet.

Autres paquets associés à velvet-long

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: velvet

  assembleur de séquences d'acides nucléiques pour de très courtes lectures

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.0.2)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger velvet-long

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
ppc64el	219,8 ko	2 639,0 ko	[liste des fichiers]