Paquet : stacks (2.55+dfsg-1)

[ Paquet source : stacks  ]

pipeline for building loci from short-read DNA sequences

Stacks is a software pipeline for building loci from short-read sequences, such as those generated on the Illumina platform. Stacks was developed to work with restriction enzyme-based data, such as RAD-seq, for the purpose of building genetic maps and conducting population genomics and phylogeography.

Note that this package installs Stacks such that all commands must be run as: $ stacks <cmdname> <args>

Autres paquets associés à stacks

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libdbi-perl

  interface base de données en Perl (DBI)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: libspreadsheet-writeexcel-perl

  module to create Excel spreadsheets

• rec: littler

  interface en ligne de commande et script GNU R – paquet de transition
  un paquet virtuel est également fourni par r-cran-littler

• rec: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

Télécharger stacks

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
ppc64el	1 033,4 ko	6 741,0 ko	[liste des fichiers]