Paquet : qiime (2020.11.1-1)

[ Paquet source : qiime  ]

QIIME, Quantitative Insights Into Microbial Ecology

QIIME 2 est un paquet pour l’analyse de microbiome, extensible et décentralisée avec une attention particulière sur la transparence des données et analyses. QIIME 2 permet aux chercheurs de commencer une analyse avec des données de séquences d’ADN et de terminer avec des figures et des résultats statistiques de qualité professionnelle. Principales caractéristiques :

 — suivi intégré et automatique de la provenance des données ;
 — système de type sémantique ;
 — système de greffons pour étendre les fonctionnalités d’analyse de
   microbiome ;
 — prise en charge de plusieurs types d’interface (par exemple, API,
   ligne de commande, graphique) ;

QIIME 2 est une nouvelle conception et une réécriture de la tuyauterie d’analyse de microbiome, QIIME 1. QIIME 2 corrigera la plupart des limitations de QIIME 1, tout en conservant les fonctions qui font de QIIME 1 une tuyauterie d’analyse puissante et largement utilisée.

QIIME 2 actuellement prend en charge une première tuyauterie d’analyse de microbiome de bout en bout. De nouvelles fonctionnalités seront régulièrement disponibles à travers des greffons de QIIME 2. Une liste de greffons peut être consultée sur la page de disponibilité de greffons de QIIME 2. La page des futurs greffons liste les greffons en cours de développement.

Étiquettes: Rôle: Programme

Autres paquets associés à qiime

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-bibtexparser

  Python 3 library to parse bibtex files

• dep: python3-dateutil

  extensions puissantes du module datetime standard de Python⋅3

• dep: python3-decorator

  simplification de l’utilisation de décorateurs en Python par les programmeurs

• dep: python3-networkx

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

• dep: python3-pandas

  structures de données pour des données « relationnelles » ou « étiquetées »

• dep: python3-pyparsing

  alternative pour la création et l'exécution de grammaires simples –⋅Python⋅3.x

• dep: python3-tzlocal

  objet tzinfo pour la zone horaire locale

• dep: python3-yaml

  analyseur et générateur de code YAML pour Python3

• rec: q2-cutadapt

  greffon de QIIME 2 pour travailler avec des adaptateurs dans des données de séquence

• rec: q2-demux

  QIIME 2 plugin for demultiplexing of sequence reads

• rec: q2-feature-classifier

  classification taxinomique gérant le greffon QIIME 2

• rec: q2-feature-table

  QIIME 2 plugin supporting operations on feature tables

• rec: q2-metadata

  QIIME 2 plugin for working with and visualizing Metadata

• rec: q2-quality-filter

  QIIME2 plugin for PHRED-based filtering and trimming

• rec: q2-types

  QIIME 2 plugin defining types for microbiome analysis

• rec: q2cli

  Click-based command line interface for QIIME 2

• rec: q2templates

  Design template package for QIIME 2 Plugins

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
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