Paquet : jalview (2.11.1.3+dfsg2-5)

[ Paquet source : jalview  ]

éditeur d'alignement multiple

JalView est un éditeur en Java d'alignement d’ADN, d’ARN et de protéine qui peut fonctionner avec des alignements de séquences produits par des programmes mettant en œuvre des algorithmes d'alignement tels que ClustalW, Kalign et T-Coffee.

Disposant de nombreuses fonctionnalités, il est activement développé et pourra être comparé avantageusement à BioEdit, tout en étant libre, au sens de la liberté de parole !

Autres paquets associés à jalview

• dep: debconf

  Système de gestion de configuration Debian

• dep: debconf (>= 0.5)

  Système de gestion de configuration Debian

  ou debconf-2.0

  paquet virtuel fourni par cdebconf, cdebconf-udeb, debconf

• dep: default-jre

  environnement d'exécution Java standard ou compatible

• dep: groovy

  langage dynamique souple pour la machine virtuelle Java

• dep: javahelp2

  système d’aide basé sur Java

• dep: libapache-mime4j-java

  analyseur MIME et RFC 822 pour Java

• dep: libaxis-java

  implémentation SOAP en Java

• dep: libbiojava4.0-java

  API Java pour des applications et des données biologiques –⋅version⋅4

• dep: libcommons-discovery-java

  Locates classes that implement a given Java interface

• dep: libhtsjdk-java

  Java API for high-throughput sequencing data (HTS) formats

• dep: libhttpclient-java

  HTTP/1.1 compliant HTTP agent implementation

• dep: libhttpcore-java

  set of low level HTTP transport components for Java

• dep: libhttpmime-java

  HTTP/1.1 compliant HTTP agent implementation - MIME extension

• dep: libintervalstorej-java

  Java implementation of the Nested Containment List data structure

• dep: libjaba-client-java

  minimal client for the JABAWS server

• dep: libjaxrs-api-java

  Java API for RESTful Services (JAX-RS)

• dep: libjaxws-java

  JAX-WS Reference Implementation (Library)

• dep: libjersey1-client-java

  RESTful Web Services in Java (client module)

• dep: libjersey1-core-java

  RESTful Web Services in Java (core library)

• dep: libjetty9-java

  Java servlet engine and webserver -- core libraries

• dep: libjfreesvg-java

  Java graphics library to generate content in SVG format

• dep: libjmol-java

  Java library for molecular structures

• dep: libjson-simple-java

  Simple, lightweight and efficient JSON toolkit for Java

• dep: libjsoup-java

  Java HTML parser that makes sense of real-world HTML soup

• dep: libjswingreader-java

  RSS NewsFeed reader for Java

• dep: liblog4j1.2-java

  Logging library for java

• dep: libmiglayout-java

  Java Layout Manager

• dep: libslf4j-java

  Simple Logging Facade for Java

• dep: libvamsas-client-java

  library for phylogenetic tasks

• dep: varna

  appliquette de visualisation d’ARN

• sug: clustalw

  alignement de séquences de nucléotides ou de peptides

• sug: kalign

  Alignement séquentiel multiple global et progressif

• sug: t-coffee

  alignement multiple de séquences

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	6 732,2 ko	14 004,0 ko	[liste des fichiers]