Paquet : r-bioc-tfbstools (1.28.0+dfsg-1)

[ Paquet source : r-bioc-tfbstools  ]

GNU R Transcription Factor Binding Site (TFBS) Analysis

TFBSTools is a package for the analysis and manipulation of transcription factor binding sites. It includes matrices conversion between Position Frequency Matirx (PFM), Position Weight Matirx (PWM) and Information Content Matrix (ICM). It can also scan putative TFBS from sequence/alignment, query JASPAR database and provides a wrapper of de novo motif discovery software.

Autres paquets associés à r-bioc-tfbstools

• dep: libc6 (>= 2.4)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.12

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.0.3-1)

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-biobase (>= 2.28)

  fonctions de base pour Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.14.0)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel (>= 1.2.21)

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.36.4)

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-bsgenome (>= 1.36.3)

  BioConductor infrastructure for Biostrings-based genome data packages

• dep: r-bioc-cner (>= 1.4.0)

  CNE Detection and Visualization

• dep: r-bioc-dirichletmultinomial (>= 1.10.0)

  Dirichlet-Multinomial Mixture Model Machine Learning for Microbiome Data

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.6.1)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.20.6)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.2.7)

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.28.10)

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.9.25)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-seqlogo (>= 1.34.0)

  GNU R sequence logos for DNA sequence alignments

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.8.0)

  BioConductor representation and manpulation of external sequences

• dep: r-cran-catools (>= 1.17.1)

  GNU R package providing various utility functions

• dep: r-cran-dbi (>= 0.6)

  paquet de GNU R fournissant une interface généraliste de base de données

• dep: r-cran-gtools (>= 3.5.0)

  paquet GNU R avec des outils de programmation en R par Greg Warnes et al.

• dep: r-cran-rsqlite (>= 1.0.0)

  Database Interface R driver for SQLite

• dep: r-cran-tfmpvalue (>= 0.0.5)

  GNU R P-Value Computation for Position Weight Matrices

• dep: r-cran-xml (>= 3.98-1.3)

  paquet de GNU R pour la génération et analyse d’XML

• rec: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

• sug: r-bioc-biocstyle (>= 1.7.7)

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-cran-knitr (>= 1.11)

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
mipsel	1 054,8 ko	1 926,0 ko	[liste des fichiers]