Paquet : ragout (2.3-2 et autres)

[ Paquet source : ragout  ]

Reference-Assisted Genome Ordering UTility

Ragout (Reference-Assisted Genome Ordering UTility) is a tool for chromosome-level scaffolding using multiple references. Given initial assembly fragments (contigs/scaffolds) and one or multiple related references (complete or draft), it produces a chromosome-scale assembly (as a set of scaffolds).

The approach is based on the analysis of genome rearrangements (like inversions or chromosomal translocations) between the input genomes and reconstructing the most parsimonious structure of the target genome.

Ragout now supports both small and large genomes (of mammalian scale and complexity). The assembly of highly polymorphic genomes is currently limited.

Autres paquets associés à ragout

• dep: libc6 (>= 2.4)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-networkx (>= 2.2)

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

• rec: sibelia

  comparative genomics tool

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
mips64el	2.3-2+b1	2 079,0 ko	9 721,0 ko	[liste des fichiers]