Paquet : augur (11.0.0-1)

[ Paquet source : augur  ]

composants pipeline pour l'analyse de virus en temps réel

Le projet nextstrain est une tentative de faire des pipelines informatiques flexibles et des outils de visualisation pour suivre l'évolution en cours de pathogènes à mesure que les données de séquences surviennent. Le projet nextstrain dérive de nextflu qui était spécifique à l'évolution de la grippe.

nextrain est formé de trois composantes :

 – fauna : base de données et scripts d'E/S pour les séquences et
   les données sérologiques ;
 – augur : pipelines informatiques pour conduire des inférences
   à partir de données brutes ;
 – auspice : application web pour visualiser les inférences
   résultantes.

Autres paquets associés à augur

• dep: fasttree

  arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines

• dep: iqtree

  logiciel phylogénétique de maximum de vraisemblance

• dep: mafft

  programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-bcbio-gff

  Python3 library to read and write Generic Feature Format

• dep: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• dep: python3-boto (>= 2.38.0)

  interface en Python pour les services internet d’Amazon –⋅Python 3.x

• dep: python3-cvxopt

  paquet de Python⋅3 pour l’optimisation convexe

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

• dep: python3-ipdb

  remplaçant de pdb basé sur IPython – version Python 3

• dep: python3-jsonschema

  une (autre) implémentation de JSON Schema (Draft 3 et 4) – Python 3.x

• dep: python3-matplotlib (>= 1.5.1)

  système de traçage basé sur Python dans un style similaire à celui Matlab –⋅Python⋅3

• dep: python3-packaging

  core utilities for python3 packages

• dep: python3-pandas (>= 0.16.2)

  structures de données pour des données « relationnelles » ou « étiquetées »

• dep: python3-schedule

  Job scheduling for humans (Python 3)

• dep: python3-seaborn (>= 0.6.0)

  bibliothèque de visualisation de statistiques pour Python 3

• dep: python3-treetime

  inférence de phylogénies marquées temporellement et reconstruction ancestrale – Python 3

• dep: raxml

  ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques

• dep: seqmagick

  imagemagick-like frontend to Biopython SeqIO

• dep: vcftools

  ensemble d'outils pour travailler avec les fichiers VCF

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	138,2 ko	606,0 ko	[liste des fichiers]