Paquet : r-bioc-scater (1.18.3+ds-4)

[ Paquet source : r-bioc-scater  ]

Single-Cell Analysis Toolkit for Gene Expression Data in R

A collection of tools for doing various analyses of single-cell RNA-seq gene expression data, with a focus on quality control and visualization.

Autres paquets associés à r-bioc-scater

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  Nearest Neighbor Detection for Bioconductor Packages

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  décomposition en valeurs singulières pour les paquets de Bioconductor

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  BioConductor delayed operations on array-like objects

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  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

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  S4 Classes for Single Cell Data

• dep: r-bioc-summarizedexperiment

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• dep: r-cran-ggplot2

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• dep: r-cran-gridextra

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  GNU R package for color maps from matplotlib

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• rec: r-cran-nmf

  GNU R framework to perform non-negative matrix factorization

• rec: r-cran-pheatmap

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  GNU R T-Distributed Stochastic Neighbor Embedding using a Barnes-Hut

• rec: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

• rec: r-cran-uwot

  GNU R uniform manifold approximation and projection (UMAP)

• sug: r-bioc-biobase

  fonctions de base pour Bioconductor

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-biomart

  interface de GNU R aux bases de données BioMart (Ensembl, COSMIC, Wormbase et Gramene)

• sug: r-cran-cowplot

  GNU R streamlined plot theme and plot annotations for 'ggplot2'

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-robustbase

  paquet de GNU R fournissant des statistiques de base robustes

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