Paquet : profbval (1.0.22-7)

[ Paquet source : profbval  ]

prédicteur des résidus de protéine flexibles/rigides à partir d'une séquence

PROFbval peut servir à la prédiction de la structure et de la fonction d'une protéine. Par exemple, un biologiste peut localiser des déterminants potentiellement antigéniques en identifiant les résidus les plus flexibles à la surface d'une protéine. En outre, un cristallographe peut localiser des résidus ayant potentiellement des B-valeurs élevées expérimentales.

PROFbval accepte les entrées suivantes, décrites davantage dans profbval(1) :

 –⋅une séquence de protéine dans un fichier FASTA ;
 –⋅une structure secondaire et la prédiction de l'accessibilité
   d'un solvant par prof(1) ;
 –⋅un fichier HSSP.

Contexte : la mobilité d'un résidu donné à la surface d'une protéine est liée à son rôle fonctionnel. Donc, l'identification de résidus extrêmement rigides ou flexibles à la surface d'une protéine permet d'identifier les résidus fonctionnellement importants des protéines. La mesure classique de la mobilité des atomes dans les protéines constitue des données B-valeur à partir de structures de cristallographie aux rayon⋅X. PROFbval est le premier outil pour prédire des B-valeurs normalisées d'un squelette à partir d'une séquence d'acides aminés.

Étiquettes: Biologie: Acides nucléiques, Domaine: Biologie, Rôle: Symboles de débogage

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