Paquet : changeo (1.0.2-1)

[ Paquet source : changeo  ]

boîte à outils d’affectation clonale de répertoire – Python 3

Change-O est un ensemble d’outils pour traiter la sortie d’outils d’alignement V(D)J, affecter des groupes clonaux à des séquences d’immunoglobuline (Ig) et reconstruire des séquences de lignées germinales.

D’importantes améliorations dans les technologies de séquençage à haut débit permettent maintenant de caractériser à grande échelle des répertoires Ig, définis comme l’ensemble de protéines réceptrices d’antigènes transmembranaires situées à la surface des cellules B et des cellules T. Change-O est une suite d’outils permettant de faciliter l’analyse avancée de séquences Ig et TCR suivant l’affectation de segments de lignées germinales. Change-O gère la sortie de IMGT/HighV-QUEST et d’IgBLAST et fournit une grande variété de méthodes de regroupement (clustering) pour affecter des groupes clonaux à des séquences Ig. Le tri d’enregistrements, le groupement et diverses opérations de manipulations de bases de données sont également inclus.

Ce paquet installe la bibliothèque pour Python 3.

Autres paquets associés à changeo

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-airr

  Data Representation Standard library for antibody and TCR sequences

• dep: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• dep: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux avec le langage Python 3

• dep: python3-pandas

  structures de données pour des données « relationnelles » ou « étiquetées »

• dep: python3-pkg-resources

  découverte de paquets et accès aux ressources avec pkg_resources

• dep: python3-presto

  toolkit for processing B and T cell sequences (Python3 module)

• dep: python3-scipy

  outils scientifiques pour Python 3

• dep: python3-yaml

  analyseur et générateur de code YAML pour Python3

• rec: python3-biopython (>= 1.65)

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• rec: python3-pandas (>= 0.15)

  structures de données pour des données « relationnelles » ou « étiquetées »

• rec: python3-presto (>= 0.6.2)

  toolkit for processing B and T cell sequences (Python3 module)

Télécharger changeo

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	103,8 ko	691,0 ko	[liste des fichiers]