Paquet : sga (0.10.15-5)

[ Paquet source : sga  ]

de novo genome assembler that uses string graphs

The major goal of SGA is to be very memory efficient, which is achieved by using a compressed representation of DNA sequence reads.

SGA is a de novo assembler for DNA sequence reads. It is based on Gene Myers' string graph formulation of assembly and uses the FM-index/Burrows-Wheeler transform to efficiently find overlaps between sequence reads.

Autres paquets associés à sga

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)

  bibliothèque dynamique de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:7)

  Paquet indisponible

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-ruffus

  Python3 computation pipeline library widely used in bioinformatics

• dep: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: abyss (>= 2.0.2-1)

  assembleur de séquences de novo parallèles pour les lectures courtes

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
i386	878,4 ko	2 634,0 ko	[liste des fichiers]