Paquet : r-bioc-variantannotation (1.36.0-1)

[ Paquet source : r-bioc-variantannotation  ]

BioConductor annotation of genetic variants

This BioConductor package provides R functions to annotate variants, compute amino acid coding changess and to predict coding outcomes.

Autres paquets associés à r-bioc-variantannotation

• dep: libc6 (>= 2.15)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libcurl4 (>= 7.18.0)

  bibliothèque de transfert par URL côté client et simple d'utilisation - avec OpenSSL

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.12

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.0.3-1)

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-annotationdbi (>= 1.27.9)

  GNU R Annotation Database Interface pour BioConductor

• dep: r-bioc-biobase

  fonctions de base pour Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.15.3)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.57.2)

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-bsgenome (>= 1.47.3)

  infrastructure de BioConductor pour les paquets de données de génome basés sur Biostrings

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.15.2)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.31.3)

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.41.5)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.23.9)

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-matrixgenerics

  S4 Generic Summary Statistic Functions that Operate on Matrix-Like Objects

• dep: r-bioc-rhtslib

  HTSlib high-throughput sequencing library as GNU R package

• dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.99.0)

  importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R

• dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.39.7)

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.27.12)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.19.5)

  BioConductor assay container

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.29.2)

  BioConductor representation and manpulation of external sequences

• dep: r-bioc-zlibbioc

  (Virtual) zlibbioc Bioconductor package

• dep: r-cran-dbi

  paquet de GNU R fournissant une interface généraliste de base de données

• rec: r-bioc-snpstats

  méthodes et les classes de SnpMatrix et XSnpMatrix de BioConductor

• rec: r-cran-runit

  paquet de GNU R fournissant un cadriciel de tests unitaires

• sug: r-bioc-annotationhub

  client GNU R pour accéder aux ressources d'AnnotationHub

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-cran-ggplot2

  implementation of the Grammar of Graphics

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
i386	3 394,8 ko	4 832,0 ko	[liste des fichiers]