Paquet : quicktree (2.5-5)
Liens pour quicktree
Ressources Debian :
- Rapports de bogues
- Developer Information
- Journal des modifications Debian
- Fichier de licence
- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source quicktree :
Responsables :
Ressources externes :
- Page d'accueil [github.com]
Paquets similaires :
algorithme Neighbor-Joining pour les phylogénies
QuickTree est une mise en œuvre efficace de l’algorithme Neighbor-Joining (PMID : 3447015), qui peut reconstruire des phylogénies à partir de grandes quantités d’alignements pour des temps inférieurs à l’âge de l’univers.
QuickTree accepte comme entrées des matrices de distance ou des alignements multiples de séquence. Les matrices doivent être au format PHYLIP. Les alignements doivent être au format Stockholm qui est le format natif d’alignement pour la base de données Pfam. Les alignements de formats différents peuvent être convertis au format Stockholm avec le programme sreformat qui fait partie du paquet HMMer (hmmer.org).
Les arbres sont écrits sur la sortie standard, au format Newick/New-Hampshire utilisé par PHYLIP et beaucoup d’autres programmes.
Autres paquets associés à quicktree
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- dep: libc6 (>= 2.29)
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
Télécharger quicktree
Architecture | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
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i386 | 21,3 ko | 60,0 ko | [liste des fichiers] |