Paquet : pizzly (0.37.3+ds-5)

[ Paquet source : pizzly  ]

identification de fusions de gènes dans des données de séquençage d’ARN

For the interpretation of the transcriptome (the abundance and sequence of RNA) of tomour cells one is particularly interested in transcripts that cannot be mapped to single genes but that are seen to be fused as parts from two genes. Likely eplanations are chromosomal translocations.

Pizzly can identify novel such peculiarities, building on interpretations on variable splicing by the tool kallisto. Both tools are elements of the bcbio workflow.

Autres paquets associés à pizzly

• dep: kallisto

  quantification RNA-seq presque optimale

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: python3-h5py

  general-purpose Python interface to hdf5

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
i386	296,3 ko	883,0 ko	[liste des fichiers]