Paquet : ataqv (1.2.1+ds-1 et autres)

[ Paquet source : ataqv  ]

contrôle de qualité et visualisation pour ATAC-seq

Il s’agit d’une boîte à outils pour mesurer et comparer les résultats d’ATAC-seq, mise au point dans le Laboratoire Parker de l’université du Michigan. Elle a été conçue pour aider à comprendre comment leurs évaluations d’ATAC-seq ont fonctionné et pour faciliter le repérage des différences qui ont pu être causées par leur préparations de bibliothèque ou le séquençage.

Étiquettes: Boîte à outils d'interface utilisateur: Interface utilisateur texte ncurses

Autres paquets associés à ataqv

• dep: fonts-font-awesome

  fonte d'icônes à utiliser avec bootstrap de Twitter

• dep: libboost-chrono1.74.0 (>= 1.74.0)

  représentation⋅C++ d'intervalle de temps, de point temporel et d'horloges

• dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0)

  opérations sur le système de fichiers (chemins portables, itération sur des répertoires,⋅etc.) en C++

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

  bibliothèque Boost.Iostreams

• dep: libc6 (>= 2.4)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libjs-jquery

  JavaScript library for dynamic web applications

• dep: libjs-jquery-datatables

  jQuery plug-in that makes nice tables from different data sources

• dep: libjs-jquery-datatables-extensions

  extensions for the jQuery plug-in for tables from different data sources

• dep: libncurses6 (>= 6)

  Bibliothèques partagées pour l'utilisation d'un terminal

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: node-d3

  Data-Driven Documents to visualize data

• dep: node-normalize.css

  Modern alternative to CSS resets

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• sug: macs

  analyse basée sur modèles de ChIP-Seq venant de séquenceurs de lectures courtes

• sug: picard-tools

  outils en ligne de commande pour manipuler les fichiers SAM et BAM

• sug: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• sug: wget

  récupération de fichiers sur le réseau

Télécharger ataqv

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
i386	1.2.1+ds-1+b1	3 351,7 ko	6 622,0 ko	[liste des fichiers]