Paquet : gbrowse (2.56+dfsg-8)

[ Paquet source : gbrowse  ]

navigateur de génome générique GMOD

Ce paquet fournit un navigateur web de génomes simple, mais hautement configurable. C'est un composant du projet « Generic Model Organism Database » (GMOD). Certaines de ses fonctionnalités sont :

 - vues simultanées en perspective et détaillées du génome ;
 - défilement, agrandissement, centrage ;
 - ajout d'URLs arbitraires à toute annotation ;
 - configuration de l'ordre et l'apparence de morceaux personnalisable par
    l'administrateur et l'utilisateur final ;
 - recherche par identifiant de l'annotation, le nom, ou le commentaire ;
 - gestion d'annotation d'une tierce personne en utilisant les formats
    GFF (« General Feature Format ») ;
 - conservation des paramètres entre les sessions ;
 - dépôts d'ADN et de GFF ;
 - connectivité vers des bases de données différentes, incluant BioSQL et
    Chado ;
 - gestion multilingue ;
 - chargement de fonctionnalités tierces ;
 - architecture en greffon personnalisable (par exemple, pour exécuter
    BLAST, exporter et importer dans de nombreux formats, trouver des
    oligonucléotides, concevoir des amorces, créer des cartes de
    restriction, modifier des caractéristiques).

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::perl, interface::web, Rôle: Programme, But: Analyse, use::viewing, web::application, Web: CGI

Autres paquets associés à gbrowse

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• sug: gbrowse-calign

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• sug: gbrowse-data

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• sug: libfile-nfslock-perl

  perl module to do NFS (or not) locking

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	2 318,3 ko	7 018,0 ko	[liste des fichiers]