Paquet : tree-puzzle (5.3~rc16+dfsg-8)

[ Paquet source : tree-puzzle  ]

reconstruction d’arbres phylogénétiques par la vraisemblance maximale

TREE-PUZZLE (le nouveau nom pour PUZZLE) est un programme interactif en console qui intègre un algorithme rapide de recherche dans une arborescence par la méthode de quadruplets «⋅Quartet Puzzling⋅», qui permet l'analyse de grands jeux de données et qui attribue automatiquement des estimations de prise en charge à chaque branche interne. TREE-PUZZLE calcule aussi des distances maximales vraisemblables entre des paires, ainsi que la longueur des branches spécifiées par l’utilisateur. Les branches peuvent aussi être calculées suivant le postulat de l'horloge moléculaire. De plus, TREE-PUZZLE offre une méthode novatrice, la cartographie par vraisemblance, pour étudier la prise en charge d'une hypothétique branche interne sans calculer l'arbre complet et pour visualiser le contenu phylogénétique d’un alignement de séquences.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::analysing, use::comparing, Format pris en charge: Texte simple, Fonctionne avec: Étiquette supplémentaire nécessaire

Autres paquets associés à tree-puzzle

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libsprng2

  SPRNG Scalable Parallel RNG library -- library package

• rec: tree-puzzle-doc

  reconstruction d’arbres phylogénétiques par la vraisemblance maximale – documentation

• sug: phylip

  paquet de programmes pour déduire les phylogénies

• sug: treetool

  Paquet indisponible

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
armel	160,8 ko	412,0 ko	[liste des fichiers]