Paquet : seaview (1:5.0.4-1)
Liens pour seaview
Ressources Debian :
- Rapports de bogues
- Developer Information
- Journal des modifications Debian
- Fichier de licence
- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source seaview :
Responsables :
- Debian Med Packaging Team (Page QA, Archive du courrier électronique)
- Charles Plessy (Page QA)
- Andreas Tille (Page QA)
Ressources externes :
- Page d'accueil [doua.prabi.fr]
Paquets similaires :
interface multiplateforme pour l’alignement de séquences et la phylogénie
SeaView est un visualisateur et un éditeur pour des alignements multiples de séquence, c'est-à-dire, des séquences d’ADN ou de protéines sont chacune positionnées dans leur propre ligne distincte, de telle façon les acides aminés ou nucléiques à une position particulière (colonne) sont supposées avoir les mêmes propriétés biochimiques.
SeaView lit et écrit divers formats de fichiers (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) de séquences d’ADN et de protéines et d’arbres phylogénétiques. Les alignements peuvent être édités manuellement. Il pilote les programmes Muscle ou Clustal Omega pour des alignements multiples de séquences, et permet aussi d’utiliser n’importe quel algorithme externe d’alignement capable de lire et d'écrire des fichiers au format FASTA. Il calcule les arbres phylogénétiques selon la parcimonie en utilisant les algorithmes dnapars et protpars de PHYLIP, selon la distance avec les algorithmes NJ ou BioNJ pour diverses distances d’évolution, ou selon le maximum de vraisemblance en utilisant le programme PhyML 3.0.
SeaView dessine les arbres phylogénétiques sur l’écran ou dans des fichiers PostScript, et permet de télécharger des séquences d’EMBL, GenBank ou UniProt grâce à Internet.
Autres paquets associés à seaview
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- dep: libc6 (>= 2.29)
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
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- dep: libfltk-images1.3
- Fast Light Toolkit - image loading support
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- dep: libfltk1.3 (>= 1.3.4)
- Fast Light Toolkit - main shared library
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.5)
- bibliothèque de prise en charge de GCC
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- bibliothèque standard C++ de GNU v3
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- Bibliothèque de compression - binaires
Télécharger seaview
Architecture | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
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armel | 325,6 ko | 910,0 ko | [liste des fichiers] |