Paquet : qcat (1.1.0-2)

[ Paquet source : qcat  ]

demultiplexing Oxford Nanopore reads from FASTQ files

Qcat is a command-line tool for demultiplexing Oxford Nanopore reads from FASTQ files. It accepts basecalled FASTQ files and splits the reads into separate FASTQ files based on their barcode. Qcat makes the demultiplexing algorithms used in albacore/guppy and EPI2ME available to be used locally with FASTQ files. Currently qcat implements the EPI2ME algorithm.

Autres paquets associés à qcat

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• dep: python3-parasail (>= 1.2-3)

  Python3 bindings for the parasail C library

• dep: python3-six

  bibliothèque de compatibilité Python⋅2 et⋅3 –⋅interface Python⋅3

• dep: python3-yaml

  analyseur et générateur de code YAML pour Python3

• sug: qcat-examples

  demultiplexing Oxford Nanopore reads from FASTQ files (examples)

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