Paquet : maq (0.7.1-9)

[ Paquet source : maq  ]

correspondance de lectures de séquences d'ADN polymorphique de longueur courte à des séquences de référence

Maq (« Mapping and Assembly with Quality » − correspondance et assemblage de qualité) construit des associations de correspondance de lectures courtes générées par des machines de séquençage de nouvelles générations. Le logiciel a été particulièrement conçu pour l'analyseur de génome Solexa à 1 milliard de bases par exécution, par l'entreprise Illumina, et dispose d'une fonctionnalité préliminaire pour manipuler des données ABI SOLiD. Le logiciel Maq est déjà connu sous le nom de mapass2.

Le développement du logiciel Maq s'est arrêté en 2008. Ses successeurs sont BWA (« Burrows-Wheeler Aligner ») et SAMtools (« Sequence Alignment/Map tools »).

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c++, implemented-in::perl, Interface utilisateur: Ligne de commande, Rôle: role::program, scope::utility, But: Étiquette supplémentaire nécessaire, Analyse, use::comparing, use::searching, Format pris en charge: Étiquette supplémentaire nécessaire, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Autres paquets associés à maq

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Bibliothèque de compression - binaires

• sug: bwa

  dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

• sug: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
armel	285,5 ko	530,0 ko	[liste des fichiers]