Paquet : freecontact (1.0.21-9)

[ Paquet source : freecontact  ]

prédicteur rapide de contact de protéine

FreeContact est un prédicteur de contact de résidu de protéine optimisé pour la vitesse. Son entrée est un alignement de séquences multiples. FreeContact peut servir comme un remplaçant accéléré des prédicteurs de contact existants EVfold-mfDCA de DS. Marks (2011) et PSICOV de D. Jones (2011).

FreeContact est accéléré par une combinaison de vecteurs, plusieurs fils d’exécution et une implémentation plus rapide des parties clés. Selon l’alignement, des accélérations de huit fois ou supérieures sont possibles.

Un alignement suffisamment grand est nécessaire pour des résultats significatifs. Comme minimum, un alignement avec un nombre de séquences effectif (après pondération) supérieur à la longueur de la séquence recherchée devrait être utilisé. Des alignements de dizaines de milliers de séquences (effectives) sont considérés comme une bonne entrée.

Par exemple, jackhmmer(1) du paquet hmmer ou hhblits(1) de hhsuite peuvent être utilisés pour générer les alignements.

Ce paquet fournit l’outil en ligne de commande freecontact(1).

Autres paquets associés à freecontact

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

  bibliothèque d'options de programmes pour C++

• dep: libc6 (>= 2.7)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libfreecontact0v5 (>= 1.0.21)

  fast protein contact predictor library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libxerces-c3.2

  validating XML parser library for C++

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• sug: bash-completion

  complétions programmables pour l'interpréteur bash

• sug: hhsuite

  recherche de séquence de protéines basée sur l’alignement HMM-HMM

• sug: hmmer

  profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
armel	309,4 ko	1 508,0 ko	[liste des fichiers]