Paquet : r-cran-ape (5.4-1-1)

[ Paquet source : r-cran-ape  ]

paquet de GNU R pour l’analyse de phylogénie et d’évolution

Ce paquet fournit des fonctions pour lire, écrire, tracer et manipuler des arbres phylogénétiques, des analyses de données comparatives dans un environnement phylogénétique, des analyses de caractères ancestraux, des analyses de diversification et macroévolution, pour calculer des distances de séquences d’ARN, pour lire et écrire des séquences de nucléotides, ainsi que l’importation à partir de BioConductor et plusieurs outils tels que le test de Mantel, les tracés de profils d’horizon généralisés (generalized skyline plots), l’exploration graphique de données phylogénétiques (alex, trex, kronoviz), l’estimation de taux évolutionnaires absolus et des arbres similaires à des horloges utilisant les longueurs de chemin moyennes, la vraisemblance pénalisée, des arbres de datation avec des séquences contemporaines, la traduction de séquences d’ADN en séquences AA et l’évaluation d’alignements de séquences. L’estimation phylogénétique peut être faite avec les méthodes NJ, BIONJ, ME, MVR, SDM et de « triangle » ainsi que plusieurs méthodes gérant les matrices incomplètes de distance (NJ*, BIONJ*, MVR* et la « méthode du triangle » correspondante. Quelques fonctions appellent des applications externes (PhyML, Clustal, T-Coffee, Muscle) dent les résultats sont renvoyés dans R.

Étiquettes: Développement de logiciel: Programmation GNU R, Domaine: Statistiques, Mis en œuvre en: GNU R

Autres paquets associés à r-cran-ape

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: liblapack3

  bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée

  ou liblapack.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-base-core (>= 4.0.2-1)

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-cran-lattice

  paquet GNU R pour les graphes « Trellis »

• dep: r-cran-nlme

  paquet de GNU R pour les modèles mixtes (non)linéaires

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.0)

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• sug: clustalw

  alignement de séquences de nucléotides ou de peptides

• sug: muscle

  Programme d'alignements multiples de séquences de protéine

• sug: phyml

  estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale

• sug: r-cran-expm

  GNU R Computation of the matrix exponential and related quantities

• sug: r-cran-gee

  Generalized Estimation Equation Solver

• sug: r-cran-igraph

  analyse et visualisation de réseau avec GNU R

• sug: t-coffee

  alignement multiple de séquences

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
arm64	2 142,3 ko	2 481,0 ko	[liste des fichiers]