aligneur universel et ultra-rapide de RNA-seq
Il s’agit du logiciel STAR (Spliced Transcripts Alignment to a Reference)
basé sur un algorithme, non décrit auparavant, d'alignement de RNA-seq qui
utilise la recherche séquentielle de « graines » pour une cartographie
maximale dans des tableaux de suffixes non compressés suivis par le
regroupement de graines (seed clustering) et la procédure de ligature
(stitching). STAR surpasse les autres aligneurs d’un facteur supérieur à
cinquante dans la vitesse de cartographie, alignant pour le génome humain
550 millions de lectures « paired-end » 2 × 76 pb par heure sur un modeste
serveur de douze cœurs, tout en améliorant la sensibilité et la précision. En
plus de la détection de novo neutre de jonctions canoniques, STAR peut
découvrir les transcriptions de ligature non canonique et de fusion, et il
peut aussi réaliser une cartographie des séquences d’ARN complètes. En
utilisant
le séquençage Roche 454 d’amplicons de réaction en chaîne par polymérase et
transcription inverse, les auteurs ont validé expérimentalement 1960
nouvelles jonctions de ligature intergénique avec un taux de succès de 80-
90 %, corroborant la précision élevée de la stratégie de cartographie de
STAR.
