Paquet : kallisto (0.46.2+dfsg-2)

[ Paquet source : kallisto  ]

quantification RNA-seq presque optimale

Kallisto est un programme pour quantifier l’abondance de transcriptions de données de RNA-Seq, ou, plus généralement, de séquences cibles en utilisant le séquençage de lectures à haut débit. Il est basé sur l’idée nouvelle de pseudoalignement pour déterminer la compatibilité de lectures avec des cibles sans avoir besoin de l’alignement. Sur des bancs d’essai avec des données de RNA-Seq standard, kallisto peut quantifier 30 millions de lectures d’humain en moins de 3 minutes sur un ordinateur de bureau Mac en utilisant les séquences de lectures et un index de transcriptome qui lui-même se construit en moins de 10 minutes. Le pseudoalignement de lectures préserve l’information clé nécessaire pour la quantification, et par conséquent kallisto n’est pas seulement rapide, mais également aussi précis que les outils de quantification existants. En fait, parce que la procédure de pseudoalignement est peu sensible aux erreurs dans les lectures, dans plusieurs bancs d’essai kallisto surpasse de manière significative les outils existants.

Autres paquets associés à kallisto

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger kallisto

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	236,4 ko	706,0 ko	[liste des fichiers]