Paquet : brig (0.95+dfsg-3)

[ Paquet source : brig  ]

générateur d'images circulaires BLAST

BRIG peut afficher des comparaisons circulaires entre un grand nombre de génomes avec un intérêt pour la gestion de données d'assemblage de génome.

 – les images montrent des similarités entre une séquence de référence
   centrale et d'autres séquences en cercles concentriques ;
 – BRIG réalise toutes les comparaisons BLAST et analyse les fichiers
   automatiquement à partir d'une interface simple ;
 – les frontières de contigs et la couverture de lecture peuvent être
   affichées pour les génomes brouillons ; des graphes et des annotations
   personnalisés peuvent être affichés ;
 – grâce à un ensemble de gènes définis en entrée par l'utilisateur, BRIG
   peut afficher la présence, l'absence ou la troncature de gènes ou une
   variation de séquence dans un ensemble de génomes complets, brouillons
   ou même sous forme de données de séquence brutes et non assemblées ;
 – BRIG peut également accepter les fichiers formatés par SAM de
   correspondance de lecture, ce qui permet à des régions génomiques
   présentes dans des données de séquence non assemblées provenant de
   plusieurs échantillons d'être comparées simultanément.

Autres paquets associés à brig

• dep: cgview

  visionneuse de génome circulaire

• dep: default-jre

  environnement d'exécution Java standard ou compatible

  ou java6-runtime

  paquet virtuel fourni par default-jre, openjdk-11-jre, openjdk-17-jre

  ou java7-runtime

  paquet virtuel fourni par default-jre, openjdk-11-jre, openjdk-17-jre

  ou java8-runtime

  paquet virtuel fourni par default-jre, openjdk-11-jre, openjdk-17-jre

  ou java9-runtime

  paquet virtuel fourni par default-jre, openjdk-11-jre, openjdk-17-jre

  ou java10-runtime

  paquet virtuel fourni par default-jre, openjdk-11-jre, openjdk-17-jre

  ou java11-runtime

  paquet virtuel fourni par default-jre, openjdk-11-jre, openjdk-17-jre

• dep: jarwrapper (>= 0.5)

  exécution d'exécutables Java au format jar

• dep: libjdom1-java

  lightweight and fast library using XML

• dep: libswing-layout-java

  Extensions to Swing layout

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	112,0 ko	412,0 ko	[liste des fichiers]