Paquet : metaphlan2 (2.9.22-1)

[ Paquet source : metaphlan2  ]

Metagenomic Phylogenetic Analysis

MetaPhlAn is a computational tool for profiling the composition of microbial communities (Bacteria, Archaea, Eukaryotes and Viruses) from metagenomic shotgun sequencing data with species level resolution. From version 2.0, MetaPhlAn is also able to identify specific strains (in the not-so-frequent cases in which the sample contains a previously sequenced strains) and to track strains across samples for all species.

MetaPhlAn 2.0 relies on ~1M unique clade-specific marker genes (the marker information file can be found at usr/share/metaphlan2/utils/markers_info.txt.bz2) identified from ~17,000 reference genomes (~13,500 bacterial and archaeal, ~3,500 viral, and ~110 eukaryotic), allowing:

 * unambiguous taxonomic assignments;
 * accurate estimation of organismal relative abundance;
 * species-level resolution for bacteria, archaea, eukaryotes and
   viruses;
 * strain identification and tracking
 * orders of magnitude speedups compared to existing methods.
 * metagenomic strain-level population genomics

Autres paquets associés à metaphlan2

• dep: bowtie2

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• dep: metaphlan2-data

  paquet de données pour l’analyse phylogénétique métagénomique

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-biom-format

  format de matrice d'observation biologique (BIOM) – Python 3

• dep: python3-msgpack

  Python 3 implementation of MessagePack format

• dep: python3-pandas

  structures de données pour des données « relationnelles » ou « étiquetées »

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