Paquet : metaphlan2 (2.9.22-1)
Liens pour metaphlan2
Ressources Debian :
- Rapports de bogues
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Responsables :
Ressources externes :
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Paquets similaires :
Metagenomic Phylogenetic Analysis
MetaPhlAn is a computational tool for profiling the composition of microbial communities (Bacteria, Archaea, Eukaryotes and Viruses) from metagenomic shotgun sequencing data with species level resolution. From version 2.0, MetaPhlAn is also able to identify specific strains (in the not-so-frequent cases in which the sample contains a previously sequenced strains) and to track strains across samples for all species.
MetaPhlAn 2.0 relies on ~1M unique clade-specific marker genes (the marker information file can be found at usr/share/metaphlan2/utils/markers_info.txt.bz2) identified from ~17,000 reference genomes (~13,500 bacterial and archaeal, ~3,500 viral, and ~110 eukaryotic), allowing:
* unambiguous taxonomic assignments; * accurate estimation of organismal relative abundance; * species-level resolution for bacteria, archaea, eukaryotes and viruses; * strain identification and tracking * orders of magnitude speedups compared to existing methods. * metagenomic strain-level population genomics
Autres paquets associés à metaphlan2
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- dep: bowtie2
- aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire
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- dep: metaphlan2-data
- paquet de données pour l’analyse phylogénétique métagénomique
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- dep: python3
- langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3
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- dep: python3-biom-format
- format de matrice d'observation biologique (BIOM) – Python 3
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- dep: python3-msgpack
- Python 3 implementation of MessagePack format
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- dep: python3-pandas
- structures de données pour des données « relationnelles » ou « étiquetées »
Télécharger metaphlan2
Architecture | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
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all | 590,9 ko | 1 127,0 ko | [liste des fichiers] |