Paquet : bio-vcf (0.9.5-3)

[ Paquet source : bio-vcf  ]

domain specific language (DSL) for processing the VCF format

Bio-vcf provides a domain specific language (DSL) for processing the VCF format. Record named fields can be queried with regular expressions, e.g.

 sample.dp>20 and rec.filter !~ /LowQD/ and rec.tumor.bcount[rec.alt]>4

Bio-vcf is a new generation VCF parser, filter and converter. Bio-vcf is not only very fast for genome-wide (WGS) data, it also comes with a really nice filtering, evaluation and rewrite language and it can output any type of textual data, including VCF header and contents in RDF and JSON.

Autres paquets associés à bio-vcf

• dep: ruby

  interpréteur pour le langage de script orienté objet Ruby – version par défaut

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all	28,1 ko	141,0 ko	[liste des fichiers]