Paquet : velvet-example (1.2.10+dfsg1-8)

[ Paquet source : velvet  ]

données d’exemples pour l’assembleur génomique Velvet

Velvet est un assembleur génomique de type de novo (assemblage de lectures courtes pour créer des séquences de pleine longueur) spécialement conçu pour les technologies de séquençage à lecture courte, telles que Solexa de l'entreprise Illumina ou 454 de l'entreprise Roche, développées par Daniel Zerbino et Ewan Birney au centre de recherche European Bioinformatics Institute (EBI) qui fait partie de l'European Molecular Biology Laboratory (EMBL), proche de Cambridge, au Royaume-Uni .

Le logiciel Velvet prend actuellement des séquences de lectures courtes, enlève les erreurs puis produit des contigs uniques de haute qualité. Il utilise alors les informations de lecture des paires, si elles sont disponibles, pour extraire les zones répétées entre les contigs.

Ce paquet fournit les données d’exemples livrées dans les sources de Velvet, un assembleur génomique de type de novo.

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• dep: velvet-tests

  données de test pour l’assembleur de séquences Velvet

• rec: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
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