Paquet : ltrsift (1.0.2-9 et autres)

[ Paquet source : ltrsift  ]

post-traitement et classification de rétrotransposons LTR

LTRsift est un outil graphique de bureau pour le post-traitement semi-automatique d’annotations de rétrotransposons, à séquence terminale longue répétée (LTR), de prédictions de novo, tels que ceux générés par LTRharvest et LTRdigest. Son interface conviviale affiche les candidats de rétrotransposon, leurs familles putatives et leurs structures internes de manière hiérarchique, permettant à l’utilisateur de « passer au crible » les résultats, parfois très importants, des logiciels de prédiction de novo. Il propose aussi des fonctions de filtrage et classification.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Interface utilisateur: Graphical User Interface, interface::x11, role::program, Champ d'application: Utilitaire, Boîte à outils d'interface utilisateur: GTK, But: use::analysing, use::browsing, Comparaison, Gestion de données, use::viewing, x11::application

Autres paquets associés à ltrsift

• dep: libc6 (>= 2.7)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.2.4)

  Bibliothèque graphique vectorielle Cairo 2D

• dep: libgdk-pixbuf-2.0-0 (>= 2.22.0)

  bibliothèque GDK Pixbuf

• dep: libgenometools0 (>= 1.6.1+ds)

  versatile genome analysis library

• dep: libglib2.0-0 (>= 2.35.9)

  bibliothèque GLib de routines C

• dep: libgtk2.0-0 (>= 2.18.0)

  bibliothèque d'interface graphique utilisateur GTK –⋅version ancienne

• dep: libpango-1.0-0 (>= 1.14.0)

  Mise en place et rendu de texte internationalisé

• rec: last-align

  comparaison de séquences biologiques à l'échelle du génome

• rec: ncbi-blast+

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
s390x	1.0.2-9+b1	96,9 ko	382,0 ko	[liste des fichiers]