Paquet : cd-hit (4.8.1-4)

[ Paquet source : cd-hit  ]

suite de programmes conçus pour grouper rapidement des séquences

cd-hit contient un certain nombre de programmes conçus pour grouper rapidement des séquences. cd-hit groupe les protéines en grappes qui satisfont à un seuil de similitudes défini par l'utilisateur. cd-hit-est est similaire à cd-hit, mais conçu pour grouper des séquences (sans introns). cd-hit-est-2d est similaire à cd-hit-2d mais conçu pour comparer 2 ensembles de données de nucléotides. Un certain nombre d'autres programmes associés sont aussi dans ce paquet. De plus amples informations se trouvent dans le manuel utilisateur de cd-hit, qui se trouve dans ce paquet.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c++, implemented-in::perl, Interface utilisateur: Ligne de commande, Rôle: role::program, use::comparing, Fonctionne avec: Séquence biologique

Autres paquets associés à cd-hit

• dep: libc6 (>= 2.7)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
s390x	496,6 ko	1 429,0 ko	[liste des fichiers]