Paquet : q2-fragment-insertion (2022.11.1-3)

[ Paquet source : q2-fragment-insertion  ]

greffon de QIIME pour l’insertion de fragment

QIIME 2 est un paquet pour l’analyse de microbiome, extensible et décentralisée avec une attention particulière sur la transparence des données et analyses. QIIME 2 permet aux chercheurs de commencer une analyse avec des données de séquences d’ADN et de terminer avec des figures et des résultats statistiques de qualité professionnelle. Principales caractéristiques :

 — suivi intégré et automatique de la provenance des données ;
 — système de type sémantique ;
 — système de greffons pour étendre les fonctionnalités d’analyse de
   microbiome ;
 — prise en charge de plusieurs types d’interface (par exemple, API,
   ligne de commande, graphique) ;

QIIME 2 est une nouvelle conception et une réécriture de la tuyauterie d’analyse de microbiome, QIIME 1. QIIME 2 corrigera la plupart des limitations de QIIME 1, tout en conservant les fonctions qui font de QIIME 1 une tuyauterie d’analyse puissante et largement utilisée.

QIIME 2 actuellement prend en charge une première tuyauterie d’analyse de microbiome de bout en bout. De nouvelles fonctionnalités seront régulièrement disponibles à travers des greffons de QIIME 2. Une liste de greffons peut être consultée sur la page de disponibilité de greffons de QIIME 2. La page des futurs greffons liste les greffons en cours de développement.

Autres paquets associés à q2-fragment-insertion

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biom-format

  format de matrice d'observation biologique (BIOM) – Python 3

• dep: python3-skbio

  Python3 data structures, algorithms, educational resources for bioinformatic

• dep: q2-types (>= 2022.11.1)

  QIIME 2 plugin defining types for microbiome analysis

• dep: qiime (>= 2022.11.1)

  QIIME, Quantitative Insights Into Microbial Ecology

• rec: default-jdk

  Standard Java or Java compatible Development Kit

• rec: python3-ijson

  event-driven JSON parser (Python 3 version)

• rec: sepp

  Paquet indisponible

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
ppc64el	24,1 ko	141,0 ko	[liste des fichiers]