Paquet : gff2aplot (2.0-14)

[ Paquet source : gff2aplot  ]

tracés d'alignements par paires pour les séquences génomiques avec PostScript

Gff2aplot est un logiciel pour visualiser ensemble l'alignement de deux séquences de génomes et leurs annotations. À partir de fichiers d'entrée au format GFF, il produit les images PostScript pour cet alignement. Le menu suivant liste les nombreuses fonctionnalités du logiciel gff2aplot⋅:

 -⋅des tracés d'alignements complets pour toute caractéristique du fichier
   GFF. Les attributs sont définis séparément, de sorte que vous pouvez
   les modifier uniquement quels que soient les attributs pour un fichier
   donné ou partager la même personnalisation à travers différents
   ensembles de données⋅;
 -⋅tous les paramètres sont définis par défaut à l'intérieur du logiciel,
   mais ils peuvent être aussi pleinement configurés par des fichiers de
   personnalisation flexibles de type gff2ps. Le logiciel peut manipuler
   plusieurs de ces fichiers, résumant tous les paramètres avant de
   produire la figure correspondante. De plus, tous les paramètres de
   personnalisation peuvent être définis par des interrupteurs en ligne
   de commande, qui permettent aux utilisateurs de jouer avec ces
   paramètres avant d'en ajouter à un fichier de personnalisation.
   L'ordre de la source est choisi à partir des fichiers d'entrée, si
   vous échangez l'ordre des fichiers, vous pouvez visualiser
   l'alignement et ses annotations avec la nouvelle disposition en
   entrée⋅;
 -⋅l'ordre des fichiers source est choisi à partir des fichiers d'entrée,
   si vous échangez l'ordre des fichiers, vous pouvez visualiser
   l'alignement et ses annotations avec la nouvelle disposition⋅;
 -⋅tous les scores des alignements peuvent être visualisés dans la boîte
   «⋅Picture in Picture⋅» en dessous la zone gff2aplot, utilisant des
   niveaux de gris en couleur, des niveaux de la couleur définie par
   l'utilisateur ou des gradients dépendants du score⋅;
 -⋅des polices vectorielles, qui peuvent être choisies parmi les polices de
   base par défaut avec PostScript. Les labels de caractéristiques et de
   groupes peuvent être pivotés pour améliorer la lisibilité dans les deux
   axes d'annotation⋅;
 -⋅le logiciel est toujours défini comme un filtre Unix, ainsi il peut
   manipuler des données des fichiers, redirections et pipes, l'écriture
   produite vers la sortie standard et avertissements vers la sortie
   d'erreur standard⋅;
 -⋅le logiciel gff2aplot est capable de gérer de nombreux formats de page
   réelle (de A0 à A10, et plus - voir les tailles de page disponibles
   dans son manuel), incluant celles définies par l'utilisateur. Cela
   permet, par exemple, la génération de cartes génomiques de la taille
   d'un poster ou l'utilisation d'un appareil de traçage gérant le papier
   continu, en portrait ou en paysage⋅;
 -⋅vous pouvez dessiner différents alignements sur le même tracé et les
   distinguer en utilisant différentes couleurs pour chaque alignement⋅;
 -⋅le dictionnaire de formes a été élargi, de sorte que d'autres
   caractéristiques de formes sont maintenant disponible (voir le
   manuel)⋅;
 -⋅les projections d'annotation à travers les tracés d'alignements
   (appelés rubans) émulent les transparences par des modèles de
   remplissage de couleurs complémentaires. Cette fonctionnalité permet
   de montrer la pseudo-fusion de couleur lorsque les rubans horizontaux
   et verticaux se chevauchent.

Étiquettes: Développement de logiciel: Programmation Perl, Bibliothèques, Domaine: field::biology, field::biology:bioinformatics, Mis en œuvre en: C, implemented-in::perl, interface::commandline, Interface utilisateur: Interpréteur de commandes, Rôle: role::devel-lib, role::program, Champ d'application: Utilitaire, But: Conversion de données, use::viewing, works-with-format::plaintext, Format pris en charge: works-with-format::postscript, works-with::TODO, Fonctionne avec: Image, works-with::image:vector, works-with::text

Autres paquets associés à gff2aplot

• dep: libc6 (>= 2.17)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• rec: ghostscript

  interpreter for the PostScript language and for PDF

• rec: graphicsmagick

  outils de traitement d'image

  ou imagemagick

  programmes de manipulation d'image — binaires
  un paquet virtuel est également fourni par graphicsmagick-imagemagick-compat, imagemagick-6.q16

• sug: gff2ps

  Produit des graphiques PostScript à partir de fichiers GFF

• sug: postscript-viewer

  paquet virtuel fourni par atril, evince, ghostscript, gv, okular, qpdfview-ps-plugin, zathura-ps

Télécharger gff2aplot

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
ppc64el	239,0 ko	1 484,0 ko	[liste des fichiers]