Paquet : changeo (1.3.0-1)

[ Paquet source : changeo  ]

boîte à outils d’affectation clonale de répertoire – Python 3

Change-O est un ensemble d’outils pour traiter la sortie d’outils d’alignement V(D)J, affecter des groupes clonaux à des séquences d’immunoglobuline (Ig) et reconstruire des séquences de lignées germinales.

D’importantes améliorations dans les technologies de séquençage à haut débit permettent maintenant de caractériser à grande échelle des répertoires Ig, définis comme l’ensemble de protéines réceptrices d’antigènes transmembranaires situées à la surface des cellules B et des cellules T. Change-O est une suite d’outils permettant de faciliter l’analyse avancée de séquences Ig et TCR suivant l’affectation de segments de lignées germinales. Change-O gère la sortie de IMGT/HighV-QUEST et d’IgBLAST et fournit une grande variété de méthodes de regroupement (clustering) pour affecter des groupes clonaux à des séquences Ig. Le tri d’enregistrements, le groupement et diverses opérations de manipulations de bases de données sont également inclus.

Ce paquet installe la bibliothèque pour Python 3.

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• rec: python3-presto (>= 0.6.2)

  toolkit for processing B and T cell sequences (Python3 module)

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	105,4 ko	701,0 ko	[liste des fichiers]