Paquet : r-bioc-purecn (2.4.0+dfsg-1)

[ Paquet source : r-bioc-purecn  ]

copy number calling and SNV classification using targeted short read sequencing

This package estimates tumor purity, copy number, and loss of heterozygosity (LOH), and classifies single nucleotide variants (SNVs) by somatic status and clonality. PureCN is designed for targeted short read sequencing data, integrates well with standard somatic variant detection and copy number pipelines, and has support for tumor samples without matching normal samples.

Autres paquets associés à r-bioc-purecn

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  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

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  paquet de R : analyse des données de nombre de copies d'ADN

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• dep: r-bioc-iranges (>= 2.2.1)

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• dep: r-bioc-summarizedexperiment

  BioConductor assay container

• dep: r-bioc-variantannotation (>= 1.14.1)

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• dep: r-cran-ggplot2

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• dep: r-cran-gridextra

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• dep: r-cran-rcolorbrewer

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• dep: r-cran-vgam

  paquet de GNU R pour l’estimation de modèle additif généralisé vectoriel

• sug: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-org.hs.eg.db

  genome-wide annotation for Human

• sug: r-cran-covr

  test coverage for GNU R packages

• sug: r-cran-jsonlite

  Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-markdown

  GNU R package providing R bindings to the Sundown Markdown rendering library

• sug: r-cran-optparse

  analyseur syntaxique d’options de ligne de commande de GNU R

• sug: r-cran-pscbs

  R package: Analysis of Parent-Specific DNA Copy Numbers

• sug: r-cran-r.utils

  GNU R various programming utilities

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

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