Paquet : r-bioc-genomicalignments (1.34.0-1)

[ Paquet source : r-bioc-genomicalignments  ]

BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

This BioConductor package provides efficient containers for storing and manipulating short genomic alignments (typically obtained by aligning short reads to a reference genome). This includes read counting, computing the coverage, junction detection, and working with the nucleotide content of the alignments.

Autres paquets associés à r-bioc-genomicalignments

• dep: libc6 (>= 2.4)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1)

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.37.0)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.55.7)

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.13.1)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.41.5)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.23.9)

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.31.2)

  importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.27.12)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.9.13)

  BioConductor assay container

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-bsgenome

  infrastructure de BioConductor pour les paquets de données de génome basés sur Biostrings

• sug: r-bioc-deseq2

  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

• sug: r-bioc-edger

  analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• sug: r-bioc-rtracklayer

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

• sug: r-bioc-shortread

  GNU R classes and methods for high-throughput short-read sequencing data

• sug: r-cran-runit

  paquet de GNU R fournissant un cadriciel de tests unitaires

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
mipsel	2 059,0 ko	2 910,0 ko	[liste des fichiers]