Paquet : pdb2pqr (3.5.2+dfsg-3)

[ Paquet source : pdb2pqr  ]

préparation de structures de protéine pour des calculs d’électrostatisme

PDB2PQR est un paquet de Python qui automatise beaucoup des tâches courantes de préparation de structures de continuum électrostatique. Il fournit donc un utilitaire indépendant de la plateforme pour convertir les fichiers de protéine au format PDB au format PQR. Cet tâches comprennent :

 – l’ajout d’un nombre limité d’atomes lourds manquants aux structures
   biomoléculaires ;
 – la détermination des pKa des chaines latérales ;
 – le placement d’hydrogène manquant ;
 – l’optimisation de la protéine pour une liaison favorable de l’hydrogène ;
 – l’assignation de paramètres de charge et de rayon pour divers champs de
   force.

Autres paquets associés à pdb2pqr

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux avec le langage Python 3

• dep: python3-pdb2pqr

  préparation de structures de protéine pour des calculs d’électrostatisme

• sug: apbs

  solveur adaptatif de Poisson Boltzmann

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	11,4 ko	32,0 ko	[liste des fichiers]