Paquet : murasaki-mpi (1.68.6-13 et autres)

[ Paquet source : murasaki  ]

homology detection tool across multiple large genomes (MPI-version)

Murasaki is a scalable and fast, language theory-based homology detection tool across multiple large genomes. It enable whole-genome scale multiple genome global alignments. Supports unlimited length gapped-seed patterns and unique TF-IDF based filtering.

Murasaki is an anchor alignment software, which is

 * exteremely fast (17 CPU hours for whole Human x Mouse genome (with
   40 nodes: 52 wall minutes))
 * scalable (Arbitrarily parallelizable across multiple nodes using MPI.
   Even a single node with 16GB of ram can handle over 1Gbp of sequence.)
 * unlimited pattern length
 * repeat tolerant
 * intelligent noise reduction

This package provides the MPI-enabled binary for murasaki. While this will speed up operation on multi-processor machines it will slow down on a single processor.

Autres paquets associés à murasaki-mpi

• dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0)

  opérations sur le système de fichiers (chemins portables, itération sur des répertoires,⋅etc.) en C++

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

  bibliothèque Boost.Iostreams

• dep: libboost-regex1.74.0-icu72

  paquet virtuel fourni par libboost-regex1.74.0

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libopenmpi3 (>= 4.1.4)

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: murasaki-common

  homology detection tool across multiple large genomes (common files)

Télécharger murasaki-mpi

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
mipsel	1.68.6-13+b3	580,4 ko	4 750,0 ko	[liste des fichiers]